进行学生自主实验的目的是促进学生主动参与实验设计；了解医学实验的基本过程和要求；提高学生综合运用所学理论知识的能力； 培养学生的创新精神和创新能力。学生自主实验的基本原则包括实验立题和实验设计的基本原则。
一．实验立题的基本原则
（一）目的性：即立题要有理论意义和实践意义，能明确、具体地提出问题，解决问题。而哪些课题具有理论价值，哪些具有现实意义和应用前景，则需要具有深厚的理论知识和熟练的实验设计知识来鉴别。优秀的实验设计可以突出主题，既不使之过大、过多，又使之具有研究意义。
（二）科学性：即立题不能凭空想象，要在已有的科学理论和研究基础上进行，要符合科学规律。通过实验设计可以使我们全面、准确地收集文献资料，充分把握研究方向的来龙去脉，清楚其研究现状和发展方向，制订出符合科学性的研究课题。
（三）创新性：科学实验的灵魂在于其创新性和先进性。而我们实验课的最终目的是培养具有创新精神和能力的人才。江泽民同志说过： “创新是一个民族的灵魂，是一个国家兴旺发达的不竭动力；一个没有创新能力的民族，难以屹立于世界民族之林”。创新的基础在于对所学的理论知识和实验技能的综合运用。而实验设计恰恰需要协调各个实验要素，要求设计者具有很强的综合运用能力。所以科学周密的实验设计是创造性得以实现的有力武器。
（四）可行性：即立题时要考虑实验的主观和客观因素，要结合自身实验室的条件和经济条件。通过合理的实验设计，把课题的创新性和可行性有机地结合起来。对于我们在校医学生而言，由于条件限制，立题不可求多、求大，力争尽可能用最小的财力、物力、人力和时间来获取有效的结果。
二． 实验设计的基本原则
一．对照的原则：为了减少或抵消非处理因素或偏倚(bias)对实验结果的干扰，常在实验中设立对照。先分清实验的处理因素和非处理因素，再将研究对象随机地分配到实验组和对照组中。要求两组之间除了处理因素不同外，其他各种非处理因素的分布应尽量相同。使对照组中的观察对象除处理因素外，其它均与实验组相同，以反映出所比较总体间存在的差异。例 如用某药物治疗失眠，如果不设对照，就不能确定是药物的作用，还是心理调节的作用。 对照的形式有多种，研究者可依据设立对照的原则和实际情况，选择适当的对照。
1．空白对照：对照组不施加任何处理措施。 例如，进行抗衰老药物的试验，实验组中加入抗衰老药物，而对照组不给任何处理，仅观察衰老指标的差异。 这种对照方式只有在处理因素很强，非处理因素很弱的情况下才使用。
2．安慰剂对照：对照组采用一种无药理作用的“假药”，它在药物剂型或处置上不能被受试者识别，称安慰剂。使用安慰剂有助于避免对照组病人产生与实验组病人不同的心理作用。
3．实验对照：对照组不加处理因素，但施加某种实验因素。如观察过度游泳训练对大鼠免疫功能的影响，实验组的大鼠游泳且负重，而对照组的大鼠只游泳，不负重。处理因素为负重，作为非处理因素的游泳在两组是相同的。
4．标准对照：不设立专门的对照组，而是用现有的标准值或正常值作对照。 例如比较某高海拔地区健康青少年的正常体温，可直接与正常值 36.8℃ 作比较，不必另设对照组。 实验研究一般不用标准对照，因为实验条件不一致，容易影响实验效果。
5．自身对照： 对照和实验在同一个受试对象上进行。 如观察同一对象用药前后某些指标的变化。这种实验要求实验前后的条件必须一致，观察指标是稳定的。
6．相互对照：各实验组间互为对照。 例如用三种方案治疗贫血，三个方案之间可互为对照，以比较疗效的好坏。
7．历史对照：以过去研究结果与本次研究结果进行比较，即以过去研究资料作对照。 例如对某种疾病过去的治疗方案治愈率为 0；现在采用新的治疗方案，治愈多例。尽管未另设对照，但仍可认为是一种很好的治疗方法。这里，过去大量未治愈的该病病人就是对照。 这种对照要注意全部资料的可比性。
二．随机化原则：在实验研究中，不可能将所有目标对象作为受试对象。只能从中抽取一定数量的样本，来反映总体的变化。 随机化就是要使所研究的总体中，每一个观察单位都有均等的机会被抽取做样本；并且使样本中的每一个对象，都有同等的机会被分配到实验组或对照组中。随机化的目的是提高组间的均衡性，是资料分析时进行统计推断的前提。随机分配的方法可以采完全随机，即不加任何条件控制；也可以将受试对象进行配伍或配对等，增加某些控制条件。
随机抽样的意义在于： 1、使每一个研究对象都有均等的机会被选择为受试对象；同时有均等的机会被分配到实验组或对照组中。2、避免试验中处理因素以外的其它非处理因素对结果的干扰。3、保持组与组之间的可比性。在实验研究中，应根据实际选择合适的随机抽样方法。
三．重复的原则： 重复是指各处理组及对照组中受试对象的例数要有达到一定的数量。例数太少，有可能把个别情况误认为普遍情况；例数太多，又会增加严格控制实验条件的困难。因此应该在充分保证实验结果具有一定可靠性的前提下，确定最少的样本例数。
